СТРУКТУРНЫЕ БЕЛКИ ДЕЛЬТА-ВАРИАНТА SARS COV-2: ГОМОЛОГИЯ С ОППОРТУНИСТИЧЕСКИМИ БАКТЕРИЯМИ
Аннотация
Способность SARS CoV-2 уклоняться от иммунного ответа можно считать общепризнанной. Гомология белков коронавируса и человека может быть одним из механизмов иммунного уклонения. Дельта-вариант обязательно имеет структурные особенности, которые объясняют его специфические свойства. Целью нашего исследования было выяснить, изменяют ли мутации, произошедшие в структурных белках дельта-варианта, его гомологию с белками, присутствующими в организме человека, то есть собственно человеческими, бактериальными и пищевыми. Используя инструменты биоинформатики, мы обнаружили гомологию на уровне гептамеров между структурными белками дельта-варианта и белками человека, а также белками некоторых условно-патогенных бактерий верхних дыхательных путей, легких и кишечника. Белки шиповый (S) и мембранный (M) дельта-варианта имеют большое количество сходств (гомологичных соответствий) с перечисленными белками, причем наибольшее количество — в случае мутации S:Δ156,157;R158G. Причина, по которой дельтавариант SARS CoV-2 обладает специфическими характеристиками, и прежде всего повышенной летальностью, скорее всего, кроется в мутации в положениях 156–158 шипового белка.
Литература
Elrashdy F., Redwan E.M. & Uversky V.N. Why COVID-19 Transmission Is More Efficient and Aggressive Than Viral Transmission in Previous Coronavirus Epidemics? Biomolecules. 2020;10:1312. DOI: 10.3390/biom10091312.
Seyran M. et al. The structural basis of accelerated host cell entry by SARS-CoV-2. FEBS J. 2021;288:5010–5020. DOI: 10.1111/febs.15651.
Fang F.F. & Shi P.Y. Omicron a drug developer’s perspective. Emerg Microbes Infect. 2022;11:208–211. DOI: 10.1080/22221751.2021.2023330.
Beaudoin C.A. et al. Predicted structural mimicry of spike receptor-binding motifs from highly pathogenic human coronaviruses. Comput Struct Biotechnol. J. 2021;19:3938–3953. DOI: 10.1016/j.csbj.2021.06.041.
Khavinson V. et al. Homology between SARS CoV-2 and human proteins. Sci Rep. 2021;11:17199. DOI: 10.1038/s41598-021-96233-7.
Kwarteng A. et al. Molecular characterization of interactions between the D614G variant of SARS-CoV-2 S-protein and neutralizing antibodies, A computational approach. Infect. Genet Evol. 2021;91:104815. DOI: 10.1016/j.meegid.2021.104815.
McSharry B.P., Avdic S. & Slobedman B. Human cytomegalovirus encoded homologs of cytokines, chemokines and their receptors, roles in immunomodulation. Viruses. 2012;4:2448–2470. DOI: 10.3390/v4112448.
Lederberg J. Infectious history. Science. 2000;288:287–293.
Planas D. et al. Reduced sensitivity of SARS-CoV-2 variant Delta to antibody neutralization. Nature. 2021;596:276–280. DOI: 10.1038/s41586-021-03777-9.
Shen L. et al. Emerging variants of concern in SARS-CoV-2 membrane protein, a highly conserved target with potential pathological and therapeutic implications. Emerg Microbes Infect. 2021;10:885–893. DOI: 10.1080/22221751.2021.1922097.
Perez-Gomez R. The Development of SARS-CoV-2 Variants, The Gene Makes the Disease. J Dev Biol. 2021;9:58. DOI: 10.3390/jdb9040058.
Damoiseaux J. et al. Autoantibodies and SARS-CoV2 infection, The spectrum from association to clinical implication, Report of the 15th Dresden Symposium on Autoantibodies. Autoimmun Rev. 2021;21:103012. DOI: j.autrev.2021.103012.
Wang Y. et al. Transmission, viral kinetics and clinical characteristics of the emergent SARS-CoV-2 Delta VOC in Guangzhou. China Eclinical Medicine. 2021;40:101129. DOI: 10.1016/j.eclinm.2021.101129.
Dessì A., Bosco A., Pintus R., Orrù G. & Fanos V. Fusobacterium nucleatum and alteration of the oral microbiome, from pregnancy to SARS-COV-2 infection. Eur Rev Med Pharmacol Sci. 2021;25:4579–4596. DOI: 10.26355/eurrev_202107_26251.
Filomena M. C. et al. Myopalladin knockout mice develop cardiac dilation and show a maladaptive response to mechanical pressure overload. Elife. 2021;24:e58313. DOI: 10.7554/eLife.58313.
Massilamany C. et al. Whole genomic sequence analysis of, defining the genetic blueprint of strain NRRL B-14911, an emerging cardiopathogenic microbe. BMC Genomics. 2016;17(Suppl 7):511. DOI: 10.1186/s12864-016-2900-2.
Laino M. E. et al. Advanced Imaging Supports the Mechanistic Role of Autoimmunity and Plaque Rupture in COVID-19 Heart Involvement. Clin Rev Allergy Immunol. 2022;28:1–15. DOI: 10.1007/s12016-022-08925-1.
Proteomes — Homo sapiens (Human). URL: https //www.uniprot.org/proteomes/UP000005640 Homo sapiens, last change, 03 Sept 2020. (access: 24.04.2024)
Proteomes — Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (2019-nCoV) (SARS-CoV-2). URL: https//www.uniprot.org/proteomes/UP000464024 SARS-COV-2, last change, 20 Aug 2020. (access: 24.04.2024)
Copyright (c) 2024 Russian Biomedical Research (Российские биомедицинские исследования)
Это произведение доступно по лицензии Creative Commons «Attribution» («Атрибуция») 4.0 Всемирная.
